Mientras la suerte de los judíos en Europa Central estaba sujeta a una serie de persecuciones, España parecía un remanso de paz.
Sin embargo, a medida que los reinos cristianos fueron avanzando sobre los moros, también el poder del clero se fue fortaleciendo.
En Navarra y los otros reinos cristianos de la península fueron aplicadas las restricciones eclesiásticas contra los judíos que estaban vigentes en el resto de Europa, la única excepción era Castilla. Durante el reinado de Pedro «El Cruel» de Castilla la situación de los judíos seguía siendo buena. Muchos judíos desempeñaban cargos importantes en la corte, como el tesorero real Shmuel HaLevy Abulafia, quien colaboró en el saneamiento de la economía del reino. Es a este funcionario que se debe la construcción de la célebre Sinagoga del Tránsito en Toledo, capital del reino, que posteriormente fue convertida en iglesia.
Pero en 1366 Enrique de Trastámara, medio hermano de Pedro, se levanta en armas para apoderarse del trono, y en su avance hacia la capital las comunidades judías de Segovia, Burgos, Ávila y Toledo, que se habían mantenido fieles a Don Pedro, fueron sometidas al pillaje, las sinagogas fueron destruidas y pesados gravámenes fueron impuestos sobre los judíos.
De ahí en más las cosas fueron empeorando para los judíos españoles. En 1391, por incitación de Ferrando Martines, Archidiácono de Sevilla, las turbas se lanzaron contra la judería, asesinando a 4000 personas. Sólo aquellos que aceptaron el bautismo fueron perdonados. Y este estallido se fue extendiendo, Toledo, Valencia, Córdoba, Gerona, Barcelona. Los excesos anti judíos pasaron las fronteras de Castilla hasta Aragón y la isla de Mallorca. Sólo en Granada, aun bajo el gobierno musulmán, y en Portugal, a través de la intervención de las autoridades civiles, se evitó la tragedia.
Se calcula en setenta mil el número de muertos en tres meses. Pero en esta ocasión se dio un fenómeno inédito. Muchos de los judíos de la península ocupaban posiciones descollantes y estaban emparentados de uno u otro modo con la nobleza, por lo que aceptaron, aunque en forma aparente, el bautismo. Surgieron así los Anusim (forzados) a quienes se conoce más popularmente como Marranos.
A comienzos del siglo XV Vicente Ferrer, un fraile dominico, comenzó a recorrer las ciudades de Castilla, irrumpiendo en las sinagogas en medio de los servicios religiosos, con una cruz en la mano y, tras expulsar a los fieles, las consagraba como iglesias.
Por fin en el año 1478 se estableció el Tribunal de la Inquisición. Contra lo que muchos creen, este tribunal no tenía jurisdicción alguna sobre los judíos profesantes, sino que sólo la tenía sobre aquellos individuos que, habiendo recibido el bautismo (no importaba si voluntaria o forzadamente), caían en lo que la iglesia catalogaba de herejía. Los primeros inquisidores fueron nombrados en 1480 y el primer Auto de Fe se celebró en Sevilla el 6 de febrero de 1481 (se calcula que sólo en dicha ciudad antes de que terminara ese año fueron quemados 3.000 anusim).
El 2 de enero de 1492 los reyes Fernando e Isabel de España entran en la ciudad de Granada, último baluarte moro en la península, poniendo fin a la Reconquista. Tres meses más tarde, en el Patio de los Leones de la Alhambra, el 31 de marzo de 1492, los Reyes Católicos firman el infame Edicto de Expulsión, por el cual todos los judíos practicantes del reino debían partir en un plazo de cuatro meses. Todo aquel judío que tras ese plazo fuera encontrado en el reino debía optar entre la conversión o la muerte. Se calcula que 200.000 judíos abandonaron el país donde sus antepasados habían residido desde la época de Salomón.
Algunos de los exiliados encontraron asilo provisorio en Portugal (en octubre de 1497 debieron abandonar el país). Otros fueron a Italia, África del Norte y Turquía (en este último país fueron bien recibidos por el Sultán, llegando muchos de ellos a ocupar altos cargos en la corte turca, como Don José Nasí, Duque de Naxos y Doña Gracia Mendes, llamada La Señora, quienes usaron su influencia ante el Sultán para ayudar a sus hermanos perseguidos, al tiempo que ampararon a sabios y estudiosos, llegando a fundar casas de estudio en las ciudades de Safed y Tiberíades, en Israel). Otros se dirigieron al Nuevo Mundo, pensando que así podrían esquivar a la Inquisición y por último varios se dirigieron a Holanda, donde fundaron comunidades prósperas y a Europa Oriental, principalmente Polonia, donde fueron acogidos favorablemente gracias a las leyes que en 1334 emitiera el Rey Casimiro el Grande (1333-1370).
Pero la vida pacífica de los judíos polacos se vio alterada por la rebelión de los cosacos liderados por Bogdan Chmielnicki (1595-1657), quien entre los años 1648/49 se levantó en armas contra los reyes polacos con el apoyo de los tártaros de Crimea, arrastrando tras sí a los campesinos ucranianos de Polonia y masacrando a todas las comunidades judías que encontraba a su paso.
Tras una breve tregua la guerra volvió a estallar en 1654. Para colmo de males, los suecos invadieron Polonia por el norte y, si bien no trataron cruelmente a los judíos, les impusieron pesados tributos. El hecho de que los judíos se sometieran a esto sin resistencia hizo que los polacos los consideraran traidores y atacaran a las comunidades judías con más saña que los cosacos. Esto produjo la ruina de la comunidad judía de Polonia, muchos de cuyos miembros emigraron hacia otros países.
Durante todo el Renacimiento la situación de los judíos se mantuvo sin cambios.
Pero nuevos tiempos se avecinaban en el horizonte de la historia de la humanidad con el advenimiento de la Revolución Francesa.
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